Anche se lo shiatsu è considerato una tecnica tipicamente Giapponese, le sue origini risalgono ad antiche idee filosofiche Cinesi.
Una delle testimonianze più antiche e tradotto in inglese ha per titolo "The Yellow Emperor's Classic of Internal Medicine" (Han Dynasty 206 BC - AD 25).
Il testo ci porta a capire come la medicina e la filosofia siano andate di pari passo a quel tempo. Il documento è una serie di dialoghi fra l'imperatore Huang Ti e il suo ministro/medico, Ch'i Po.
L'interesse primario che traspare dai concetti è su come l'ambiente e la geografia possano influenzare la salute dell'uomo e perciò vennero sviluppati in seguito 4 specifici approcci medici in ogni regione geografica:
nel sud della Cina, dove il clima era più caldo e la vegetazione più florida nacquero rimedi a base di erbe(aromaterapia e fitoterapia alla base della moderna omeopatia);
nel nord dove la temperatura invece era più bassa la scienza medica diede maggiore importanza alla terapie di agopuntura effettuate con piccole bruciature su particolari e precisi punti del corpo;
nell'est dove l'alimentazione base era di pesce e sale, il problema studiato più di frequente era l'ulcera allo stomaco. Qui prese vita il metodo classico dell'agopuntura con lo studio accurato dei punti da stimolare con gli appositi aghi che all'epoca erano costituiti da piccoli frammenti d'osso appuntiti.(punti spesso collegati agli organi interni malati);
nel centro della Cina si svilupparono invece tecniche fisioterapiche di tutti i tipi,incluse quelle di massaggio(punto di origine dello shiatsu), respirazione ed esercizi di evoluzione spirituale. Il fine di tutte queste tecniche era di ritrovare ed equilibrare il Tao - il flusso della vita- detto poi in Giappone il Chi o Qi.
Nel 6° secolo AC, i monaci portarono dalla Cina al Giappone una sintesi di Buddismo, Taoismo e Confucianesimo. Il commercio tra i due popoli favorì importanti canali di scambio culturale e nel 7°sec. una delegazione di studenti giapponesi furono invitati dall'imperatore in Cina per studiarne le tecniche mediche. Durante l'epoca di storia giapponese quando il paese era gestito da dinastie di guerrieri Samurai, le arti marziali divennero particolarmente importanti. 
Tutte le tecniche di guerra e in particolare il ju jitsu hanno appreso come e dove colpire con minimo sforzo ed ottima efficacia dalla medicina cinese,studiando i punti vitali del corpo umano. Una aspetto del massaggio chiamato Anma si è evoluto durante il periodo di Edo (1602-1868)nel Giappone. Questa terapia era stata assegnata a massaggiatori ciechi. Purtroppo, la loro conoscenza medica non era così elevata come quella dei medici e degli "erboristi" e quindi i professionisti di Anma furono inquadrati nel tempo a semplici massaggiatori legati a forme di rilassamento anti stress. Fu solo intorno al 20° secolo che lo Shiatsu così come lo conosciamo oggi, prese forma e sostanza. Il creatore fu Tamai Tempaku, che pubblicò un libro chiamato "Shiatsu Ho" (metodo di pressione digitale) nel 1919. Il suo libro uni' Anma, Ampuku (una forma antica del massaggio addominale usata nella gravidanza e nel parto), il Do In (esercitazioni terapeutiche), con l'anatomia e la fisiologia occidentali.
Nel periodo di Taisho (1911-1925) lo Shiatsu fu catalogato e contraddistinto per la prima volta secondo la "legge di Shiatsu".
Nel 1955, lo Shiatsu divenne legalmente approvato come componente del massaggio Anma.
Nel 1957, la scuola del Giappone Shiatsu fu autorizzata ufficialmente dal Ministero della Sanità Giapponese e nel 1964 lo Shiatsu venne riconosciuto come terapia autonoma e distinta dal massaggio svedese e di Anma.
Oggi la legge giapponese approva 3 tipi di tecniche terapiche Shiatsu che fanno parte del sistema sanitario giapponese stesso.
I tre grandi maestri che contribuirono maggiormente all'intelaiatura dell' impianto medico e tecnico dello Shiatsu moderno furono:
- Tokujiro Namikoshi
- Shizuto Masunaga
- Katsusuke Serizawa
Tokujiro Namikoshi
Molto giovane (1905) si trasferì con tutta la famiglia dalla campagna di Hokkaido in un isola del nord Giappone. Per colpa del clima molto rigido, sua madre fu colpita da artrite alle ginocchia che degradò in molte altre zone del corpo. Toqujiro, ancora molto giovane, decise che doveva aiutare la madre e cominciò a sperimentare una tecnica basata su pressioni portate con le mani; piano piano si accorse che i trattamenti a cui sottoponeva la madre, apportavano miglioramenti allo stato di malattia del genitore. Continuando con gli esperimenti si accorse che premendo su ambo i lati della schiena, le ghiandole destinate a produrre cortisone venivano stimolate, producendo un effetto curativo per i reumatismi. Tokujiro aprì lo Shiatsu Institute in Hokkaido nel 1925 dopo aver completato i suoi studi di Anma e massaggio occidentale. Lasciò la scuola nel 1933 sotto la supervisione di alcuni dei suoi studenti per andare a Tokio e fondare una nuova scuola per far conoscere la sua tecnica, ciò avvenne nel 1940. Nel 1957 fu legalmente riconosciuta dal Ministero della Sanità americano con il nome di Japan Shiatsu School riscuotendo molto successo. Lo stile Namikoshi, proprio perchè riconosciuto dalla medicina occidentale, non contempla nei suoi trattamenti la teoria dei meridiani; richiede una profonda conoscenza della struttura scheletrico-muscolare del corpo umano e del sistema nervoso.
Shizuto Masunaga
Shizuto Masunaga, nato nel 1925 nella periferia di Hiroshima (Giappone), è stato il fondatore e il Presidente del centro Iokai Shiatsu di Tokyo. Laureato in psicologia presso l'Università di Kyoto e successivamente docente presso l'Università di Tokyo, risente dell'influenza della madre che aveva studiato Shiatsu con il maestro Tempaku e si diploma alla scuola di Namikoshi, dove rimane come insegnante per circa dieci anni. Verso la fine del xx secolo, Shizuto Masunaga riportò lo Shiatsu alle sue origini, sviluppando un suo stile personale, da lui denominato Zen Shiatsu, integrando gli studi di Medicina Tradizionale Cinese e Giapponese con le conoscenze di Fisiologia Occidentale. Tale sistema considera il ricevente nel suo insieme: attraverso i meridiani, sistema di canali di scorrimento del Ki, l'operatore agisce sulla mente, sullo spirito, sulle emozioni e sul corpo della persona. Questo riflette la semplicità e l'approccio spirituale proprio dei monaci Buddisti Giapponesi. Lo Zen Shiatsu introduce un sistema diagnostico conosciuto con il nome Kyo/Jitsu che prende in esame l'energia presente nei meridiani, sia essa in difetto (Kyo) che in eccesso (Jitsu) e una nuova serie di esercizi, Makko-Ho, in modo specifico per aiutare lo scorrimento del flusso di Ki all'interno dei meridiani. Masunaga sviluppò anche una forma di diagnosi addominale conosciuta con il nome di diagnosi in Hara ed estese il percorso dei meridiani tradizionali usati in agopuntura includendo i percorsi supplementari. Dopo la sua morte avvenuta nel 1981, i suoi allievi iniziarono l'insegnamento e la diffusione dello Zen Shiatsu; in particolare Wataru Ohashi, collaboratore di Masunaga, contribuì allo sviluppo e alla diffusione di tale stile in America, personalizzandolo secondo le proprie necessità. Quello di Masunaga è uno stile di Shiatsu che stimola lo studio e lo sviluppo personale; le sue teorie sono oggi molto diffuse in USA ed in Europa.
Katsuke Serizawa
Katsuke Serizawa concentrò i suoi studi sugli tsubo (punti sensibili dei meridiani). Fu abile nel dimostrare l'esistenza di questi punti sensibili usando tecniche e strumenti di misura moderni. Chiamò il suo sistema Terapia degli Tsubo e da questa derivò uno stile di Shiatsu conosciuto oggi con il nome di Acupressure Shiatsu.